La CGIL Emilia-Romagna è stata istituita in occasione del Congresso Costitutivo del Comitato Regionale della CGIL tenutosi a Bologna il 5 e 6 aprile 1965 (in attuazione delle deliberazioni del VI Congresso della CGIL nazionale e delle disposizioni dello Statuto dell'organizzazione), con la funzione prevalente di coordinamento delle attività delle Camere Confederali del Lavoro.

L'evoluzione istituzionale che ha portato alla nascita delle regioni a statuto ordinario, accompagnata dalle evoluzioni organizzative della CGIL, hanno portato alle modifiche statutarie, ratificate nel 1973 al Congresso di Bari, che hanno impresso una più decisa caratterizzazione alle strutture regionali.

Le CGIL regionali da allora sono diventate strutture con propri organi direttivi e con funzioni di elaborazione e di direzione politica e organizzativa di tutte le strutture orizzontali e verticali esistenti nel territorio regionale. Il ruolo e la funzione della CGIL Regionale è stato ribadito e rafforzato con la riforma organizzativa avviata dal convegno unitario di Montesilvano del 1979 e definita nel X Congresso del 1981.

Da allora i Congressi regionali sono entrati nella campagna congressuale in preparazione del Congresso della CGIL.